Comenzó como un convenio realizado por el Club Atlético River Plate por primera vez fuera de Argentina, que llegó a Ecuador por recomendación de Alberto Montaño a César Vigevani. Fue entonces que viajaron a Ecuador y le presentaron la propuesta al Dr. Mario Canessa Oneto.

Se inició en julio de 2007 con un concurso llamado La Banda Roja te espera, el cual consistió en evaluar a chicos de todas las edades con el fin de armar divisiones inferiores del nuevo club y también buscar talentos con la posibilidad de que viajen a Argentina a probarse en las divisiones inferiores del Club Atlético River Plate. Como resultado, cuatro chicos ecuatorianos fueron seleccionados y viajaron a Argentina a entrenar con el primer plantel del Club Atlético River Plate.

El club debuta en el torneo de Segunda Categoría de Ecuador en el año 2008, consiguiendo el título del Campeonato Provincial Segunda Categoría del Guayas en el mismo año. En 2009, el club lograría ser bicampeón del torneo provincial y subcampeón del Campeonato Ecuatoriano Segunda Categoría

2009 con lo cual consiguió el ascenso a la Serie B. Cinco años después, River ascendió a la serie de privilegio tras quedar subcampeón del Campeonato Ecuatoriano Serie B 2014 al vencer con un marcador de 2 a 1 al Delfín en el Estadio Jocay de Manta. ​

El 31 de enero de 2015, River Ecuador disputa su primer partido oficial en la Serie A de Ecuador ante el también recién ascendido Aucas. Este partido fue disputado en el Estadio Christian Benítez Betancourt en el cual River consiguió una victoria de 2 a 1 con anotaciones de los jugadores Deny Giler y Daniel Néculman.

El 11 de julio de 2017, en la última sesión de la Federación Ecuatoriana de Fútbol, el Comité Ejecutivo procedió a notificar el cambio de nombre la institución. El Ministerio del Deporte aprobó que el conjunto guayaquileño se llame oficialmente como Guayaquil City Fútbol Club